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梭菌屬 Clostridium
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說(shuō)明: 梭狀，又稱梭狀芽孢桿菌屬或厭氧芽孢桿菌屬，芽孢常比菌體大，是一類能產(chǎn)生內(nèi)生孢子的厭氧性革蘭氏陽(yáng)性菌。廣泛分布于自然界，土壤中最多，芽孢圓形或橢圓形。除了產(chǎn)氣莢膜梭菌無(wú)鞭毛外，大多有鞭毛。大部份的梭菌屬可以水解糖、蛋白質(zhì)，又可產(chǎn)生外毒素，多導(dǎo)致人體炎癥、致病，導(dǎo)致菌群失衡，部分正常腸道菌，產(chǎn)丁酸
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核心菌屬
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普雷沃氏菌屬 Prevotella
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瘤胃球菌屬 Ruminococcus
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改善方式: 抗性淀粉、水果和蔬菜、高鹽飲食、大豆、嗜酸乳桿菌和長(zhǎng)雙歧桿菌、巖藻糖、肉食增加R.gnavus
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擬桿菌屬 Bacteroides
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優(yōu)桿菌屬 Eubacterium
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Lachnoclostridium
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說(shuō)明: 毛梭菌是毛梭菌科細(xì)菌的一個(gè)屬。常見(jiàn)腸道菌，可產(chǎn)生丁酸，但減少乙酸，與內(nèi)臟脂肪積累相關(guān)
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糞桿菌屬 Faecalibacterium
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說(shuō)明: 基石菌，產(chǎn)丁酸，分解復(fù)雜碳水和淀粉
改善方式:高纖維、低肉的飲食、全谷物、蔬菜、水果、堅(jiān)果、種子和豆類、菊粉型果聚糖和阿拉伯木聚糖
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經(jīng)黏液真桿菌屬 Blautia
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說(shuō)明: 消化復(fù)合碳水化合物，健康菌改善方式:omega-3、米、大麥，黃酮類，高谷物飲食，黃連素，橙子，維生素D3，低聚果糖、酒曲、交替飲食
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戴阿利斯特桿菌屬 Dialister
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羅氏菌屬 Roseburia
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說(shuō)明: 微彎桿，分離于鼠的盲腸，基石菌，復(fù)雜碳水、產(chǎn)丁酸，過(guò)多也會(huì)導(dǎo)致菌群紊亂改善方式:地中海飲食、植物性食物、全谷物、豆類和堅(jiān)果、蘑菇、燕麥、幾丁質(zhì)、菊粉、膳食多酚
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直腸真桿菌屬 Agathobacter
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說(shuō)明: 可利用抗性淀粉
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吉米菌屬 Gemmiger
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說(shuō)明: 健康飲食，高果蔬、谷物及豆類飲食含量高
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Parabacteroides
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說(shuō)明: 革蘭氏陰性，厭氧，非孢子形成屬，屬單寧科，幫助糖脂代謝，改善高脂影響，過(guò)多會(huì)導(dǎo)致菌群棄亂
改善方式: 高果糖飲食，水果和蔬菜、鐵
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Alistipes
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說(shuō)明: 革蘭氏陰性的桿狀厭氧菌屬，屬于擬桿菌門(mén)。當(dāng)這個(gè)屬的成員定植在人類胃腸道(GI)時(shí)，它們對(duì)結(jié)腸炎(腸道炎癥)、自閉癥和肝硬化(肝纖維化)提供保護(hù)作用。這種植物也會(huì)引起焦慮、慢性疲勞綜合征、抑郁和高血壓，從而導(dǎo)致生態(tài)失調(diào)。耐膽汁酸菌，與脂肪攝入相關(guān)
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毛螺菌屬 Lachnospira
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考拉桿菌屬 Phascolarctobacterium
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說(shuō)明：專性厭氧和革蘭氏陰性細(xì)菌，可產(chǎn)生短鏈脂肪酸，包括乙酸鹽和丙酸鹽，并可能與宿主的代謝狀態(tài)和情緒有關(guān)，在人體胃腸道大量定植；產(chǎn)短鏈脂肪酸，高易減肥，與水果蔬菜攝入相關(guān)
改善方式:避免高脂飲食、低聚果糖、富馬酸鹽、芽抱桿菌補(bǔ)充、懈皮素、白蔡蘆醇
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百單胞菌屬 Megamonas
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說(shuō)明：厭氧革蘭氏陰性大桿菌。發(fā)酵各種碳水化合物，終產(chǎn)物是乙酸、丙酸和乳酸。不產(chǎn)芽孢。分離于人、動(dòng)物和家禽的腸道。發(fā)酵碳水化合物，產(chǎn)乙酸，丙酸，乳酸
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糞球菌屬 Coprococcus
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說(shuō)明：革蘭氏陽(yáng)性菌。分離于人的腸道和糞便，可產(chǎn)丁酸，過(guò)多導(dǎo)致菌群鑫亂
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雙岐桿菌屬 Bifidobacterium
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說(shuō)明：最重要的益生菌屬，基石菌，豐度高體重較輕
改善方式:益生菌補(bǔ)充，發(fā)酵食品低聚果糖，抗性淀粉，白黎蘆醇，鎂、綠茶、杏仁、巖藻多糖、大麥、菊芋、阿拉伯木聚糖、菊粉、減少飲酒
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乳桿菌屬 Lactobacillus
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說(shuō)明: 即為乳酸桿菌，是一種存在于人類體內(nèi)的益生菌，因能夠?qū)?/span>碳水化合物發(fā)酵成乳酸而得名，可用于制造液態(tài)酸奶、固態(tài)奶酪、德國(guó)酸菜、啤酒、葡萄酒、泡菜、腌漬食品和其他發(fā)酵食品。嬰幼兒較多，益生菌，豐度過(guò)高體重增加
改善方式: 白蔡蘆醇、大麥、可可、低聚果糖
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芽抱桿菌屬 Bacillus
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說(shuō)明:革蘭氏陽(yáng)性菌，此屬細(xì)菌中有專性需氧菌或兼性厭氧菌，遍布于各種環(huán)境，有些獨(dú)立存在，有些會(huì)寄生于其他生物。在不適合生存的情況下，此屬細(xì)菌可以轉(zhuǎn)化為內(nèi)生孢子進(jìn)入休眠狀態(tài)并持續(xù)很久。在芽孢桿菌屬中，其中枯草桿菌可以作為科學(xué)研究用的模式生物，還有可致病的炭疽桿菌和蠟樣芽孢桿菌。自閉癥兒童顯著較高，可能與短鏈脂肪酸較高有關(guān)
改善方式: 母乳低聚糖
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埃希民菌屬 Escherichia
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說(shuō)明: 正常菌屬，能合成維生素B、K等。一般不致病，偶而引起腸外感染（如尿路感染）。某些血清型能導(dǎo)致腹瀉等腸道癥狀。是國(guó)際上廣泛使用的衛(wèi)生監(jiān)督指示菌，可作為飲水、食品等衛(wèi)生檢定的指標(biāo)，條件致病菌，過(guò)多致病，導(dǎo)致菌群失衡
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有害菌屬
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鏈球菌屬 Streptococcus
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說(shuō)明: 是一類球形的革蘭氏陽(yáng)性細(xì)菌，屬于厚壁菌門(mén)的一個(gè)屬。這些細(xì)菌細(xì)胞分裂時(shí)總是沿一個(gè)軸，所以通常成對(duì)或者鏈狀的。因?yàn)檫@些特征，他們被稱作“鏈球菌”，區(qū)別于可以沿多個(gè)軸分裂而形成一團(tuán)細(xì)胞的“葡萄球菌”（Staphylococcus）。鏈球菌屬包含了很多個(gè)種，其中多數(shù)是在人和動(dòng)物表皮，呼吸道等處的共生菌（commensal flora），也有對(duì)人類有益的菌種如嗜熱鏈球菌（Streptococcus thermophilus），但其中也有相當(dāng)數(shù)量的致病菌種?？梢鸹撔匝装Y，個(gè)別菌為益生菌，常見(jiàn)皮膚
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韋榮菌屬 Veillonella
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說(shuō)明: 寄生在人和動(dòng)物的口腔、腸道和呼吸道中，過(guò)多導(dǎo)致菌群失衡，可產(chǎn)丁酸，常見(jiàn)于嬰幼兒，健康口腔核心菌
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Pantoea
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說(shuō)明: 發(fā)酵乳糖，有運(yùn)動(dòng)，形成粘液菌落。一些物種表現(xiàn)出群體感應(yīng)能力，可以驅(qū)動(dòng)不同的基因表達(dá)，從而控制某些生理活動(dòng)。變形菌門(mén)，條件致病菌，過(guò)多導(dǎo)致菌群紊亂
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梭桿菌屬 Fusobacterium
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說(shuō)明：變形菌門(mén)，條件致病菌，過(guò)多導(dǎo)致菌群紊亂
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志賀氏菌屬 Shigella
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彎曲桿菌屬 Campylobacter
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說(shuō)明: 曲狀桿菌屬的型態(tài)就是折曲了的一般桿菌，呈“逗號(hào)”狀或Ｓ字型，本屬絕大多數(shù)物種均為病原體，可感染人類及其他動(dòng)物。家禽是本屬細(xì)菌的天然儲(chǔ)積所，條件致病菌，導(dǎo)致腸道疾病，常見(jiàn)腸胃炎和菌群紊亂
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克雷伯氏菌屬 Klebsiella
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改善方式: 乳桿菌補(bǔ)充、雙歧桿菌補(bǔ)充、大麥、低聚果糖
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脫硫弧菌屬 Desulfovibrio
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說(shuō)明: 產(chǎn)生硫化氫，導(dǎo)致炎癥、腹瀉，過(guò)多通常肥胖
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螺桿菌屬 Helicobacter
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說(shuō)明:革蘭氏陰性菌，微需氧菌，該菌屬一些菌種被發(fā)現(xiàn)在人類上消化道內(nèi)壁，部分種為致病菌，與消化性潰瘍、侵性胃炎、十二指腸炎、胃癌有關(guān)。常見(jiàn)的種主要有幽門(mén)螺桿菌(H. pylori)、畢氏螺桿菌(H. bizzozeronii)、犬螺桿菌(H. canis)、加拿大螺桿菌(H. canadensis)、同性戀螺桿菌(H. cinaedi)、芬納爾螺桿菌(H. fennelliae)、幼禽螺桿菌(H. pullorum)、溫哈門(mén)螺桿菌(H. winghamensis)、貓胃螺桿菌(H. felis)等。其中與人類感染有關(guān)的主要有畢氏螺桿菌、犬螺桿菌、加拿大螺桿菌、同性戀螺桿菌、幽門(mén)螺桿菌、貓胃螺桿菌等，其中以幽門(mén)螺桿菌最為常見(jiàn)。
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弓形菌屬 Arcobacter
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說(shuō)明: 常見(jiàn)腹瀉致病菌，在需氧、微需氧和15℃低溫條件下均可生長(zhǎng)。人畜共患的食源性和水源性病原菌,主要分離自豬肉、牛肉、禽肉等動(dòng)物性食品和水體。
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厭氧螺菌 Anaerobiospirillum
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腸球菌屬 Enterococcus
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說(shuō)明: 革蘭氏陽(yáng)性球菌。經(jīng)常以成對(duì)（雙球菌）或短鏈方式存在，故從形態(tài)上與鏈球菌屬很難區(qū)分。在人類腸道里有兩種常見(jiàn)的偏利共生腸球菌：糞腸球菌（Enterococcus faecalis）約占90-95%和屎腸球菌（Enterococcus faecium）約占5-10%。其他人體中較少見(jiàn)的菌群還有E. casseliflavus、E. gallinarum和E. raffinosus。腸球菌能生成抵抗藥物的物質(zhì)，使它們不容易被抗生素殺死，且容易散播抗藥性在惡劣環(huán)境中生存，故近年來(lái)已成為臨床感染的重要致病菌之一。尤其是E. faecium經(jīng)常對(duì)氨芐青霉素（ampicillin）及萬(wàn)古霉素（vancomycin）具有抗藥性，是所有腸球菌感染癥中最難治療的。常見(jiàn)腸道共生菌，過(guò)多會(huì)導(dǎo)致菌群紊亂，可能引發(fā)感染，導(dǎo)致肥胖
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奈瑟氏菌屬 Neisseria
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說(shuō)明: 革蘭氏陰性菌。奈瑟菌為雙球菌，包括多種致病菌，如引起淋病的淋病奈瑟菌(N. gonorrhoeae)（又稱“淋球菌”）以及腦膜炎奈瑟菌。該屬下的所有物種均為好氧細(xì)菌，不具備移動(dòng)能力，氧化酶測(cè)試陽(yáng)性。致病物種的細(xì)胞壁表面含有毒素脂質(zhì)A。由于球菌的生長(zhǎng)需要復(fù)雜營(yíng)養(yǎng)，微生物學(xué)家一般在巧克力細(xì)菌培養(yǎng)基（成分為高壓加熱的血瓊脂）中培養(yǎng)奈瑟氏菌，濕潤(rùn)的、含5%二氧化碳的氣體環(huán)境最利于奈瑟氏菌生長(zhǎng)。部分為人體病原菌
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不動(dòng)桿菌屬 Acinetobacter
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假單胞菌屬 Pseudomonas
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霍爾德曼氏菌屬 Holdemania
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說(shuō)明: 腸道共生菌，降解黏蛋白，機(jī)會(huì)致病菌
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柯林斯氏菌屬 Collinsella
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說(shuō)明:產(chǎn)氣菌，與脂質(zhì)代謝及心腦血管相關(guān)，過(guò)多可導(dǎo)致菌群紊亂，部分病原菌
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其他重要菌屬
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嗜膽菌屬 Bilophila
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說(shuō)明: 條件致病菌，變形菌門(mén)，脫硫弧菌科的一種厭氧、革蘭氏陰性、耐膽汁、過(guò)氧化氫酶陽(yáng)性桿菌。目前通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)在越來(lái)越多的人群，尤其男性，甚至低齡兒童中檢出了高豐度的該菌。與耐膽汁酸與脂肪攝入相關(guān)，便秘人群含量更高
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Flavonifractor
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說(shuō)明: 直的或稍微彎曲的桿，2-10微米長(zhǎng)，單個(gè)或成對(duì)出現(xiàn)。已從人類糞便、血液、腹內(nèi)膿液和受感染的軟組織中分離出菌株，參與腸道兒茶素代謝，減輕免疫反應(yīng)，產(chǎn)丁酸
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Dorea黃屬 Dorea
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說(shuō)明: 消化碳水化合物產(chǎn)氣，自閉癥譜系障礙發(fā)病相關(guān)
改善方式: 富含可溶性纖維的食物，欖油
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Hungatella
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說(shuō)明: 革蘭氏陽(yáng)性，芽孢內(nèi)形成的棒狀細(xì)菌，屬亨蓋特菌。在極少數(shù)情況下，亨蓋特菌可以引起人類感染。參與生成氧化三甲胺和牛磺酸
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顫螺菌屬 Oscillospira
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說(shuō)明:革蘭氏陰性菌，能產(chǎn)生芽胞。細(xì)胞呈大的桿狀或絲狀。出現(xiàn)于食草動(dòng)物的腸道?；⒑诵木?，幫助消化抗性淀粉，產(chǎn)丁酸，并在大腸中發(fā)酵。與兒童過(guò)敏和肥胖呈負(fù)相關(guān)。
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檸檬酸桿菌屬 Citrobacter
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說(shuō)明: 常見(jiàn)菌，革蘭氏陰性菌。直桿菌。發(fā)現(xiàn)于人和動(dòng)物的糞便中，或許是正常腸道棲居菌。時(shí)常作為條件致病菌分離自臨床樣品。也見(jiàn)于土壤、水、污水和食物中。免疫力下降可能引發(fā)感染
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Akkermansia
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說(shuō)明:橢圓形，無(wú)運(yùn)動(dòng)，革蘭氏陰性染色。嚴(yán)格的厭氧生物?；?，可降解淀粉，黏蛋白降解菌，可控制體重，改善代謝和炎癥，過(guò)多導(dǎo)致腸粘膜屏障破壞。
改善方式: 高蛋白飲食、低FODMAPS飲食、高脂飲食
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腸桿菌屬 Enterobacter
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說(shuō)明: 革蘭氏陰性菌、兼性厭氧生物及呈棒狀的細(xì)菌，屬于腸桿菌目腸桿菌科。大部分腸桿菌屬都具有三種特征：葡萄糖發(fā)酵作用（Glucose fermentation）陽(yáng)性、細(xì)胞色素氧化酶（Cytochrome oxidase）陰性、硝酸鹽還原作用（Nitrate reduction）陽(yáng)性。這個(gè)屬下的7個(gè)種都是病原及使宿主免疫受損的機(jī)會(huì)性感染的細(xì)菌。泌尿道及肺部是一般受感染的地方。與其他革蘭氏陰性菌不同的是，它能很快的把乳糖發(fā)酵。產(chǎn)酸產(chǎn)氣，不引起腹瀉，機(jī)會(huì)性感染，過(guò)多導(dǎo)致菌群紊亂和肥胖
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Turicibacter
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說(shuō)明: 發(fā)酵生成乳酸，參與肌肉和疲勞調(diào)節(jié)
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丁酸弧菌屬 Butyrivibrio
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Christensenella
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說(shuō)明：克里斯滕森菌屬是克里斯滕森菌科的一種非孢子形成、厭氧和非運(yùn)動(dòng)細(xì)菌
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